Hayvanların sağlıklı olması, elde edilen sütlerin çok kaliteli ve güvenilir olması için süt çiftliklerinde hijyen sağlanmalıdır. Sağım alanlarının temiz tutulması süt çiftliklerinde hijyen için tek başına yeterli değildir. Süt çiftliklerinde ahırlardan yemliklere, suluklardan cihazlara kadar hemen her şey düzenli olarak temizlenmelidir. Hijyen koşullarının sağlanması için süt çiftliklerinde çalışan personeller ve süt depolama alanları da düzenli şekilde kontrol edilmelidir. Hijyenik süt çiftlikleri için hem günlük hem de haftalık temizlik programları oluşturulmalıdır.

Barınak ve ahır gibi hayvanların yaşam sürdüğü alanların temiz, kuru ve güzel bir havalandırmaya sahip olması, hijyen sağlanmasındaki öncelikli konulardandır. Gübre ve kirlenen altlıkların hayvanların yaşam alanlarından düzenli uzaklaştırılması, hayvanların temiz ve konforlu bir ortamda yaşamasına yardımcı olmaktadır. Altlıkların nemlenmesi halinde zaman kaybetmeksizin değişikliklerde yapılmalıdır. İneklerin meme bölgesinin temiz kalması, süt sağımı esnasında sütün dış etkenlerden dolayı kirlenme riskini minimuma düşürmektedir. Barınakların yanı sıra hayvanların temizliğinin yapılması da genel hijyenin sağlanmasında belirleyici olmaktadır.

Sağımın gerçekleştirildiği alanlar için hijyen sağlanması fazlası ile önemlidir. Sağım yapılmadan evvel meme ve meme uçları doğru şekilde temizlenmelidir. Hijyen için kullanılan bez ya da diğer ekipmanlarında temiz olması gerekmektedir. Sağım makinaları ve süt ile temas eden her bir ekipman her kullanım sonrasında kirlerinden arındırılmalıdır. Ekipmanların yüzeysel olarak temizlenmesi hijyen koşullarının sağlanmasında yeterli olmayacağından temizlik, üretici talimatlarına uygun gerçekleştirilmelidir.

Sağım sonrasında sütün uygun koşullar altında saklanması da hijyen zincirinin olmazsa olmazlarından bir tanesidir. Süt ilk olarak mümkün olan en kısa süre içerisinde soğutulmalı, daha sonra temiz ve bakımlı tanklarda depolanmalıdır. Süt depolama alanları temiz tutulmalı, toz, kir, haşere ve yabancı maddelerden arındırılmalıdır. Depolama alanlarında kontaminasyon kaynaklarının bulunmamasına da dikkat edilmelidir. Süt kalitesinin korunması için ayrıca depolama tankları düzenli temizlenmeli ve bakımları gerçekleştirilmelidir.

Süt çiftliklerinde hijyenik bir ortam oluşturmak için çalışan personeller kişisel hijyen kurallarına uyum sağlamalıdır. Sağım ve bakım esnasındaki iş kıyafetleri temiz olmalı ve eller düzenli yıkanmalıdır. Hastalık belirtisi olan personellerin süt ile direk temas eden işlemlerde görev alması engellenmelidir. Çiftliklerde kullanılan çizme, eldiven ve diğer ekipmanların temizliği ihmal edilmemelidir.

Süt çiftliklerinde günlük kontrollerde yemlik ve suluklar da gözden geçirilmelidir. Bozulmuş yemler hayvanlara verilmemeli, yemlikler ve suluklarda biriken kirler düzenli olarak temizlenmelidir. Süt çiftliklerinde kemirgen, sinek ve diğer zararlılara uygun mücadele yöntemlerinin uygulanması, hijyen standartlarının korunmasında fayda sağlamaktadır. Çiftlikte hijyen uygulamalarının belirli planlama doğrultusunda yapılması ve yapılan işlemlerin kayıt altında tutulması da avantajlıdır.

Kısacası düzenli temizlik, ekipman bakımı, hayvan sağlığı kontrolleri ve çalışan hijyeninin birlikteliği, süt çiftliklerinde hem güvenli hem de kontrollü bir üretim ortamı oluşturmaktadır.