Kirli ve kuru olmayan barınak zeminleri farklı enfeksiyonlu hastalıkların ortaya çıkmasına sebep olabilir. Bunun yanında kuru olmayan ahır zeminleri de hayvanların tırnaklarında ve boynuz formunda bozukluk olmasına yol açar. Ayriyeten olumsuz zemin koşulları hayvanlarda topuk erozyonuna sebep olmaktadır.

Ahır zeminin kirli ve ıslak bir halde olması hayvanların süt veriminde de düşüş yaşanmasına yol açmaktadır. Ahırın hem temiz hem de steril olması hayvanların hayat kalitesi bakımından büyük bir öneme sahiptir. Ahırda zemin devamlı olarak temiz ve kuru olmalıdır. Ahır, yaşamını devam ettiren hayvanların çoğu vaktini geçirdiği bir ortam olduğundan dolayı temiz olması son derece mühimdir. Büyükbaş hayvanların dışkıladığı tek ortam ahırdaki hücrelerdir. Bu sebep ile büyükbaş hayvanların hücrelerinin devamlı olarak hijyenik olması gereklidir.

Ahır ortamında yetiştirdiğiniz büyükbaş hayvanların bu sebeple gübrelerin her zaman yaşam alanlarından alınıp temizliğinin sağlanması gerekmektedir. Ayriyeten ahırlarda gübreden kaynaklı yoğun koku mevcut olmasın diye düzenli bir şekilde havalandırılması gerekmektedir.

Temizliği yapıldıktan sonra zeminin tamamı ile kuru olması sağlanmalıdır. Ayriyeten hayvanların su tükettiği yalaklar, her öğün ardından iyi bir şekilde temizlenmesi gerekir. Temizlik esnasında hücrelerde meydana gelen çukurların gübreyle dolu olmaması için çukurların arasının kumla doldurulması gereklidir. Ayrıca temizlik uygulamalarının rahat olması için ahırın ilk yapısının planlı olması gereklidir. Ahır zemini sert bir yapıya sahip ise altlıklara kesinlikle yer verilmelidir. Ahırların hem giriş hem de çıkış alanlarının temizliği kesinlikle ihmal edilmemelidir. Sert olan ahir zeminlerinin bazı zamanlarda kireç tozuyla temizlenmesi ahırdaki mikropların ortadan kaldırılmasına yardımcı olur.

Ahırda yer olan ishalli hayvanların ayrı bir bölmeye alınması gerekmektedir.

Sonuç itibariyle büyükbaş hayvancılık işi ile ilgilenen kişilerin yeterli düzeyde kar elde edebilmeleri için ahırların hijyenini günlük olarak düzenli bir biçimde yerine getirmeleri gereklidir. Dana ahırlarının temizliği sağlandığı takdirde hayvanlarda herhangi bir hastalık meydana gelmeyecektir. Eğer bir hayvanda hastalık meydana gelir ise bu hastalık sebebiyle verimde düşüş yaşanacaktır. Bu verim düşüklüğü ise yetiştiricinin ekonomik açıdan kayıplar yaşamasına sebep olacaktır. Ekonomik kayıplar yaşanmaması adına düzenli olarak dana ahır temizliği yapılmalıdır.

Dana ahırlarının temizliği ve bakımı hayvanların refahının yanında sürdürülebilir işletmeler için de en önemli olan kriterlerdendir.